El presidente del Consorcio es el alcalde de Cuenca. En los supuestos de vacante, ausencia o enfermedad del presidente, ejerce sus funciones el vicepresidente representante de la administración pública a la que se encuentra adscrito el Consorcio.
Corresponden al presidente del Consorcio las siguientes competencias:
a) La convocatoria y presidencia de las sesiones del Consejo de Administración.
b) La representación del Consorcio.
c) La formulación de iniciativas y propuestas al Consejo de Administración.
d) La vigilancia del cumplimento y desarrollo de los acuerdos del Consejo de Administración.
e) Las que le delegue expresamente el Consejo de Administración mediante acuerdos específicos o en las bases de ejecución del presupuesto.